События игры происходят в альтернативном 1960 году спустя 17 лет после событий Wolfenstein, где национал-социализм победил во Второй мировой войне. Главному протагонисту всей серии игр Блажковичу необходимо будет взять под контроль «супероружие», благодаря которому нацисты держат Землю под своим контролем.