В апреле 1999 года против Быкова было возбуждено уголовное дело по факту легализации им незаконно полученных денежных средств. Он выехал из России в Венгрию, где был арестован по запросу российских правоохранительных органов. В конце 1999 г. в Греции был арестован бывший соратник Быкова Татаренков. Он дал показания о причастности Быкова к убийствам ряда красноярских уголовных "авторитетов" и предпринимателей. Была также показана по телевидению видеозапись заявлений Татаренкова с обвинениями Быкова в убийствах. После этого Быков был выдан Венгрией российским следственным органам. Но Татаренков неожиданно отказался от своих показаний, после чего Быков был освобожден. В 2000 году совет директоров КрАЗа принял решение о сложении с Анатолия Быкова полномочий председателя совета директоров. 4 октября 2000 года Быков был вновь арестован, и в 2002 году Мещанский межмуниципальный суд Москвы признал его виновным в том, что он заказал наемному убийце убийство Вилора Струганова по кличке «Паша-Цветомузыка» (киллер сообщил о заказе правоохранительным органам, и убийство Струганова было инсценировано) и приговорил его к шести с половиной годам лишения свободы условно с испытательным сроком в течение пяти лет. В 2003 году возобновились слушания по делу об убийстве жителя Назарово Олега Губина, где Быкову вменялось соучастие в организации убийства. 1 июля 2003 года краевой суд признал Быкова невиновным в этом преступлении. Анатолий Быков обратился в Страсбургский суд по правам человека с просьбой рассмотреть его дело. 10 марта 2009 года Страсбургский суд удовлетворил иск Анатолия Быкова, обвинившего РФ в незаконном использовании в судебном процессе против него данных, полученных в результате спецоперации, и незаконном продлении содержания под стражей. Согласно решению суда, российские власти должны выплатить Быкову 1 тысячу евро за моральный ущерб и 25 тысяч евро возмещения судебных издержек.
Сюда не попало первые 5 минут начала встречи. За это время Быков успел высказаться за нынешние выборы главы Красноярска. В частности, назвал "оппозиционного" Александра Коропачинского "торпедой" кандидата от "Единой России" Эдхама Акбулатова. Спорить с этим тяжело.
