В Якутской области казаки впервые обосновались во время похода Енисейских казаков под началом сотника Бекетова 1631—1632 гг. Во время этого же похода был основан и Якутский острог , ставший штабом якутского казачьего полка на всём протяжении его существования. В 1635 году царь Михаил Фёдорович велит именовать служилых Ленского острога “Якуцкими казаками”[1]
В период 1631—1641 годов будущую территорию Якутского казачьего полка осваивают Мангазейские и Енисейские казаки, основывая там остроги Олёкминск, Жиганск, Верхоянск, Вилюйск, Зашиверск и пр. и поселяясь в них.
В 1641 году в Якутском остроге было учреждено воеводство и казаки, оказавшиеся на территории этого воеводства, названы Якутскими городовыми казаками. Вскоре, уже якутскими казаками, в 1640-х годах были основаны первые остроги по побережью Охотского моря — Охотск, Ола, Тауйск и другие. В 1643—1646 гг. голова Поярков предпринял поход в Даурскую землю, сплавился по Амуру и через Охотское море вернулся в Якутию.
Одновременно основывались и поселения по Индигирке и Колыме — Среднеколымск, Верхнеколымск, Нижнеколымск и другие.
В 1649 году Дежнёвым был основан Анадырский острог, надолго ставший самым восточным российским поселением и послуживший началом Чукотских войн.
В 1679 году был основан Удский острог, после Нерчинского договора надолго ставший приграничным городом, и бывший самым южным поселением, казачье население которого входило в состав Якутского казачьего полка.
В 1699 году якутские казаки основали первые казачьи поселения на Камчатке, в 1802 году выделенные в самостоятельную Камчатскую казачью часть.
В 1701 году императором Петром I Якутским городовым казакам был установлен штат и даровано знамя (судьба знамени не установлена). В некоторых источниках указывается, что в 1701 году из Якутских казаков была сформирована Якутская казачья команда, в других — Якутский казачий полк, с 1767 года часть указывается только как Якутская казачья команда.
